Le Football Club d'Annecy (FCA) a été fondé en 1927 par René Veyrat, René Favre-Hoffer-Moschberger, Johanny Bolluz, Goerges Rulland, Georges Sonjon et Eugène Perron. En 1933, Jean Chatenoud est nommé président. Longtemps plongé dans les différents championnats régionaux, le club intègre le championnat de France amateurs en 1948, dans lequel il reste jusqu'à la disparition de ce championnat en 1971.
Les années 1940, marquées par la Seconde Guerre mondiale, représentent un tournant pour le club. Le FCA dispute, dans un premier temps, les 8es de finale de la zone non occupée de la Coupe de France en 1941. En 1942, il joue les quarts de finale de la zone non occupée après avoir éliminé l'AS Saint-Étienne et le CO Saint-Chamond. Il est battu par le Toulouse FC un but à zéro à Lyon.
Parallèlement, en 1942, le club adhère au professionnalisme pour la première fois et termine 10e du groupe Sud du championnat de France de guerre 1942-1943. Le FC Annecy est cependant victime comme les autres clubs français de l'interdiction de disputer un championnat « national » en raison de l'occupation allemande. Après la guerre, le club prend place à la Division d'Honneur de la Ligue du Lyonnais. Il est une première fois champion en 1947.
La Division Nationale du championnat de France amateurs voit le jour en 1948. Composée de 48 clubs répartis en quatre groupes géographiques, la Division nationale devient le premier niveau amateur, devant les Divisions d'Honneur des Ligues régionales. Le FCA s'installe ensuite durablement en Division nationale du championnat de France amateurs, le plus haut niveau pour un club amateur. Il est le seul club à s'être maintenu à ce niveau de 1948, date de création de la Division Nationale du CFA, à 1971, date de sa disparition.

Ascension et Performances Notables
Place forte du football amateur à la fin des années 1950, le club devient champion de France amateurs en 1960. De 1949 à 1954, le club réalise des performances honorables en terminant systématiquement entre la 3e place et la 6e place. De plus, le FC Annecy réalise de beaux parcours en Coupe de France comme en 1951 où il élimine le CA Vitry (DH) et l'AS Monaco (D2) mais est défait par le RC Strasbourg (D1) en 8e de finale sur terrain neutre à Dijon.
De 1955 à 1964, Annecy réalise de très bonnes performances dans ce championnat en finissant à huit reprises sur le podium de sa poule Sud-Est. En 1960, le FCA fait même mieux et réalise une excellente phase finale du championnat, qui réunie les vainqueurs de chaque groupe. Il élimine en quart de finale la réserve du FC Rouen (3-2, après prolongation), la réserve du Stade de Reims en demi-finale (4-2, après prolongation), avant de vaincre en finale la réserve du FC Nancy (2-1, après prolongation) à Mulhouse.
Les dernières années du FCA dans ce championnat ne sont plus aussi bonnes puisque le club n'atteint plus qu'une seule fois le podium de sa poule. En 1971, le club intègre le nouveau championnat de Division 3. La disparition de ce championnat coïncide avec le lent déclin du club qui descend en Division d'Honneur dans les années 1970.
Remontée et Période en Deuxième Division
Dans les années 1980, le FCA remonte la pente et monte en Division 4, championnat créé en 1978. En 1980, le FC Annecy est vice-champion de DH et monte dans la Division 4. Le club termine finalement premier de son groupe de D4 en 1984. Annecy évolue en D2 entre 1988 et 1993 avec un statut professionnel retrouvé. Le meilleur classement du club est une 9e place obtenue lors de la saison 1990-1991. La même année, Annecy atteint les 8es de finale de la Coupe de France, en éliminant notamment l'AS Nancy-Lorraine, club de D1, en 16e de finale.
Relégué à l'issue de la saison 1992-1993, le FCA ne reste pas longtemps en National 1 (D3). En effet, le 16 octobre 1993, après onze journées de championnat, Annecy abandonne sa place en National 1 et se voit relégué en DHR sur décision de la DNCG. Dès lors, pendant près de vingt ans, le club joue dans les divisions régionales.
Renaissance et Retour en Ligue 2
Le FC Annecy est dissout et l'Annecy FC voit le jour. Il retrouve finalement les championnats nationaux en 2015, puis remonte en Ligue 2 en 2022. En 2015, le club est champion de Division d'Honneur en battant Montélimar et accède au CFA 2, retrouvant ainsi le niveau fédéral 22 ans après sa rétrogradation administrative. Dès sa première saison en CFA 2, le FC Annecy est promu en CFA, à la suite d'un nul obtenu face à la réserve du SC Bastia. À l'issue de la saison 2019-2020, l'équipe termine première de son groupe et accède à l'échelon supérieur.
Le FCA connaît des débuts compliqués en National. Le 8 décembre 2020, le club annonce le limogeage de son entraîneur Michel Poinsignon en raison des mauvais résultats des Rouges et Blancs (l'équipe était à la dernière place). Il est remplacé par Jean-Yves Chay, et par Rémi Dru, son adjoint.
Le 4 mars 2021, le FC Annecy atteint les 16es de finale de la Coupe de France, mais est éliminé aux tirs au but par le GFA Rumilly-Vallières. Alors que la première partie de saison de Ligue 2 est très convaincante avec une solide 10e place à la 25e journée, Annecy prend part à sa plus grande épopée en Coupe de France en se qualifiant en demi-finale pour la première fois de son histoire.
Après avoir battu le Paris Football Club en 8e de finale, le FCA élimine l'Olympique de Marseille au stade Vélodrome en quart de finale dans un match très disputé où les Annéciens parviennent à se qualifier aux tirs au but (2-2, 6-7 t.a.b). En fin de saison, alors que tout semblait acquis après la 37e journée de la saison avec une 14e place, le FC Annecy finit 17e du classement de Ligue 2 à l'issue de la 38e et dernière journée de championnat à la suite de l'arrêt définitif du match FCGB-RAF ainsi qu'à un but inscrit par Laval à la dernière minute et clos donc cette saison sur une relégation sportive. À la suite de cette décision, les Annéciens continue de lutter pour leur maintien en sollicitant diverses instances pour qu'une Ligue 2 à 21 clubs soit adoptée lors de la saison 2023/2024, mais cette décision est refusée par la LFP.
Olympique Marseille vs Annecy 2-2 ( Pen 6-7 ) Highlights and Penalty
Le Parc des Sports
Le Parc des Sports est l'enceinte du club depuis son inauguration dans les années 1960. Sa capacité actuelle est de 13 699 places.

Calendrier des prochains matchs au Parc des Sports:
- sam 07 mar 2026 - 10h00 : Plateaux U11 / U11 -phase 3 - Annecy - D4 F. C. D'ANNECY F. C. D'ANNECY 1F
- sam 14 mar 2026 - 10h00 : Plateaux U11 / U11 -phase 3 - Annecy - D4 C.S. LA BALME DE SILLINGY F. C. D'ANNECY 1F
- sam 21 mar 2026 - 10h00 : Plateaux U11 / U11 -phase 3 - Annecy - D2 F. C. D'ANNECY F. C. D'ANNECY 3
- sam 28 mar 2026 - 10h00 : Plateaux U11 / U11 -phase 3 - Annecy - D4 F. C. D'ANNECY F. C.