Le rugby s’implante à Lons-le-Saunier au tout début du XXe siècle et comptera jusqu’à quatre équipes compétitives avant la Première Guerre mondiale. L’Union sportive lédonienne, s’organise en 1905. L’effectif se compose de lycéens et de militaires du 44e RI en garnison dans la ville.
Les Débuts et la Fusion
La ville étant trop petite pour deux sociétés rivales, les deux clubs fusionnent rapidement sous le nom de FC Lédonien. En mars 1914, le FCL laisse sa place au Club sportif lédonien. Il ne reste qu’un an, mais les résultats sont immédiats : le CSL remporte le championnat de Franche-Comté en 1931, avant de s’incliner en championnat de France contre le RRC Nice, futur champion.
L’année suivante, c’est la consécration avec le titre de Promotion (soit la troisième division) contre l’US Coursan (10-3) à Vienne. L’accession à la division d’Honneur (deuxième division) n’interrompt pas les bons résultats, et en 1935, le club accède à la première division après un match de barrage victorieux contre le Toulouse OEC (4-3) à Avignon.

L'Âge d'Or et les Défis
Le club effectue ensuite de bonnes saisons en première division. En 1937, Lons échoue à se qualifier malgré une victoire sur le FC Grenoble, leader de la poule. En 1938, le CSL termine deuxième de sa poule devant notamment le glorieux Stade toulousain (0-0) avant d'être éliminé en seizième de finale du championnat.
À l’issue de la saison 1939, le CSL se classe 17e club français, soit le meilleur résultat de toute l’histoire du club. À la suite de la réorganisation des championnats, le club manque de peu la remontée en première division en 1946 puis en 1950, et navigue dès lors entre la deuxième et la troisième division.
Avec l'arrivée de Gilles Moriconi, le CSL prend enfin une envergure et vit ses plus grands moments. Les derniers bons résultats datent des années 2000 : accession en fédérale 1 contre Auxerre suivie du titre de champion de France de Fédérale 2 contre l’Avenir aturin (Aire-sur-l'Adour) (23-22) emmené par le duo Mandic-Mayet, puis accession à la Fédérale 1 en 2007.
Réorganisation et Nouveaux Défis
Pour la saison 2008-2009, tout le staff a été remanié. Éric Nicolas devient président du club et Damien Ortega devient l'entraineur du CSLJ. Le 25 octobre 2008 est inauguré une mascotte.
Ce dimanche, le CSL a enregistré son troisième succès de la saison. Et de quelle manière. Face à Saint-Savin, lanterne rouge du championnat, les Jurassiens ont récité leur rugby en mettant du rythme et de l’intensité. Après un premier quart d’heure dominé mais sans concrétiser (3-3), Aboueme était envoyé à l’essai par Marion après une pénalité vite jouée (10-3, 16e). Sur le renvoi, Liochon récupérait le ballon, remontait 40 mètres avant de trouver Aboueme, repris illégalement selon l’arbitre. Ce dernier accordait un essai de pénalité (17-3, 17e).

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