L'Association de la Jeunesse Auxerroise (AJA) a été fondée le 29 décembre par l'Abbé Deschamps. L'association omnisports a connu une histoire riche et variée, marquée par des hauts et des bas, des moments de gloire et des périodes de difficultés.

Les Premières Années et l'Ascension Progressive
L'AJ Auxerre joue initialement en Départemental 1 Yonne (D3), puis en D1 Yonne (D4). Après la Seconde Guerre mondiale, l'équipe première de l'AJA participe de nouveau au championnat de l’Yonne et remporte le titre. Pierre Grosjean fonde l’école de football de l’AJA, la deuxième du genre en Bourgogne, après celle de Gueugnon.
L'intégration en Division Honneur Bourgogne / Franche-Comté (D3) marque une étape importante. L’AJA remporte le championnat de DH de Bourgogne et accède grâce à ce titre à la D3. L'AJ Auxerre est promue en D2 et s’impose 2-1 pour son premier match face à Hazebrouck.
Depuis 1974 et sa montée en D2, l’AJ Auxerre n’a cessé d’évoluer au plus haut niveau du football français. En 2016, ORG Packaging, société chinoise dirigée par Monsieur James Zhou, devient actionnaire principal de l’AJ Auxerre.
L'Ère Guy Roux et les Succès en Division 1
L’AJA accède à la Division 1. Une promotion arrachée lors de la dernière journée face à l’AS Cannes (2-1). Le but victorieux est l’œuvre de Lucien Denis. L'AJ Auxerre termine 10ème de D1. La 1ère victoire est obtenue lors de la 5ème journée contre le LOSC (3-2). Le 1er match de l'histoire de l'AJ Auxerre en D1 se solde par une défaite contre le SC Bastia (0-2).
L'AJA termine sur la troisième place du podium. Elle se qualifie pour sa première compétition européenne. L’AJA entre dans la légende ! Elle domine la scène nationale et réalise un magnifique doublé coupe/championnat.
DOUBLÉ de Camara, TOP BUT de Lepaul : Rennes ÉCRASE l'AJA | 23ème journée - Ligue 1 McDonald's 25/26
Le Doublé Historique Coupe/Championnat (1995/96)
Le dernier match de la saison se joue dans un stade Abbé Deschamps plein à craquer (record d'affluence avec plus de 22500 spectateurs). Les 23 joueurs alignés par l'entraîneur Guy Roux sont: Laurent Blanc (23m/2b), Lionel Charbonnier (23m), Christophe Cocard (32m/6b), Fabien Cool (16m), Frédéric Danjou (7m), Thomas Deniaud (4m), Bernard Diomède (33m/9b), Alain Goma (32m), Arnaud Gonzalez (1m), Stéphane Guivarc’h (23m/3b), Christian Henna (4m), Yann Lachuer (1m), Sabri Lamouchi (36m/6b), Lilian Laslandes (34m/12b), Fabrice Lepaul (3m/1b), Corentin Martins (36m/13b), Franck Rabarivony (32m), Christophe Rémy (13m), Moussa Saïb (33m/6b), Franck Silvestre (37m/1b), Abdelhafid Tasfaout (18m/5b), Philippe Violeau (30m), Taribo West (22m).

Parcours Européens Mémorables
L’AJ Auxerre a aussi brillé en Europe, disputant 128 matches européens (dont 3 participations à l’UEFA Champions League). Elle a atteint les demi-finales de l’UEFA en 1993, les quarts de finales de la Ligue des Champions en 1997, deux confrontations marquantes face au Borussia Dortmund. Pour sa première participation à la Ligue des Champions, l’AJ Auxerre élimine les Glasgow Rangers et l’AJAX Amsterdam. Elle tombe avec les honneurs face au Borussia Dortmund en 1/4 de finale.
Période Récente et Retour en Ligue 1
Depuis 2012, l’AJA évolue au 2ème niveau français. En 2021, James Zhou prend la présidence de l’AJ Auxerre, avec l’objectif de retrouver la Ligue 1. C’est chose faite à l’issue de la saison 2021-2022 et d’une fin de saison incroyable et deux séances de tirs au but face à Sochaux en play-offs et Saint-Étienne en barrages. Portée par son public, l’équipe dirigée par Christophe Pélissier remonte immédiatement et remporte le titre de champion de Ligue 2 BKT, en marquant notamment 72 buts en championnat.
Les chiffres clés de l'AJ Auxerre
| Compétition | Performance |
|---|---|
| Coupe de France | Finaliste (2): 2003/04, 2005/06 |
| 1/4 de finaliste (1): 1996/97 | |
| 1/2 finaliste (1): 1992/93 | |
| Meilleur buteur | Andrzej Szarmach (94 buts) |
Formation et Héritage
Dix-sept joueurs formés au club ont été sélectionnés en équipe de France : Abou Diaby, Alain Goma, Bakary Sagna, Basile Boli, Bruno Martini, Christophe Cocard, Djibril Cissé, Eric Cantona, Jean-Marc Ferreri, Olivier Kapo, Pascal Vahirua, Paul-Georges Ntep, Philippe Mexès, William Prunier et Younes Kaboul. A cette liste se rajoutent Bernard Diomède et Lionel Charbonnier, sacrés Champions du Monde 1998 en compagnie de Stéphane Guivarc’h, qui évoluait à cette époque sous les couleurs ajaïstes.